Selo Slakovci (Zlaakowcz) se u povijesnim dokumentima prvi puta spominje u povelji iz 1506. godine, kao najbliže naselje slakovačkom gradu ili kaštelu. Po svemu sudeći selo Slakovci je postojalo i znatno prije 1506. godine. S progonom Turaka iz Slavonije i Srijema 1691. godine i nastupanjem austrijske vlasti, vjerojatno prije nego su službeno počeli procesi ušoravanja sela u Granici, okupilo se stanovništvo iz Slakovaca i drugih okolnih sela na lokaciji oko današnje rudine "Jošina" i formiralo poslijeturske Slakovce. To je bio položaj tzv. starih Slakovaca.

Već početkom 18. stoljeća sagradili su Slakovčani u tim starim Slakovcima drvenu crkvicu posvećenu Sv. Ani. Zašto je baš bila izabrana posveta Sv. Ani, nepoznato je. Godine 1729. vizitator Pečujske biskupije je zabilježio: "Selo Slakovci je udaljeno od vukovara 2 sata hoda. Tu se nalazi crkva Sv. Ane, jednostavna iz drveta, pokrivena trskom i blizu rušenju. Ima toranj sa zvonom kao i u Jankovcima. Postoji 1 oltar, ali bez slike i uresa, tako da se tu služi misa samo na posvećenje crkve kada dođe vrlo mnogo naroda. Groblje je dosta veliko, blizu je šume i ograđeno jarkom." Nešto kasnije vizitacija iz 1754. godine navodi: "U filijali Slakovci je, također, postojala drvena crkva posvećena Sv. Ani." To je očito bila crkva u starim Slakovcima, na starom položaju. Slakovci su pripadali za Turaka jedno vrijeme župi Laz, pa župi Jankovci. Poslije Turaka pripadoše vukovarskoj župi da bi 1750. bili pripojeni župi Jankovci. S ušoravanjem i preseljenjem Slakovčana iza 1755. godine na današnji položaj izgradiše Slakovčani novu zidanu crkvu Sv. Ane na današnjoj lokaciji. Poznati biskupijski povjesničar Emerik Gašić (podrijetlom iz Komletinaca) preuzevši podatke iz zapisnika kanonske vizitacije piše: "1782. nova ecclesia S. Annae ex solidis materialibus", to jest, u Slakovcima je sagrađena nova crkva Sv. Ane od čvrstog materijala 1782. godine. Ta crkva, građena u duhu baroknog klasicizma, uz manje adaptacije ostala je takvom do privremene okupacije Slakovaca 1991. godine. Emerik Gašić u svom rukopisu navodi: "U Slakovcima je župa osnovana već 1794. godine, da bi egzistirala samo do 1796. godine. Prvi župnik ove kratkovjeke župe je bio Josip Blagajac."

Slakovačka župa je ponovno osnovana 21. travnja 1876. godine dozvolom đakovačkog biskupa Josipa Juraja Strossmayera.

Crkva Sv. Ane je, nažalost kao i mnoge druge crkve, nakon privremene okupacije Slakovaca 20. IX. 1991. godine potpuno srušena i zapaljena. Srećom po Slakovčane odmah nakon povratka 1997. godine donacijama mnogih darovatelja Crkva Sv. Ane je među prvima u Podunavlju potpuno obnovljena i ponovno zasjala punim sjajem. Svečana posveta obnovljene crkve je bila 15. VII. 2000. godine. Izvana je izgledom ostala ista, ali je iznutra potpuno drugačiji i moderniji inventar, tako da je onaj prekrasni barokni inventar ostao samo u sjećanjima starijih Slakovčana.